年に1、2回会う親戚への年賀状のコメントで、お会いできましたら娘たちとたくさん遊んでくださいと書いたら変ですか？

変ではありません。

年に1、2回お会いする間柄なら、ほどよく親しみが伝わる自然な表現だと思います。

ただ、年賀状として少し柔らかくすると、より無難になります。

たとえば「またお会いできましたら、娘たちとも遊んでいただけたら嬉しいです」や「お会いできる機会がありましたら、娘たちと一緒に過ごしていただけたらと思います」といった言い方だと、相手に負担を感じさせにくいです。

今の表現でも失礼ではありませんが、年賀状らしさを重視するなら、少し控えめにすると安心です。