植物の保温をする時、とても小さな芽であればビニール袋で囲うだけで大丈夫ですかね？通気性ってどうしたらいいんでしょう…

ビニール一枚では外気温との差が2℃程度です。夜間だけなら通気性の心配はないです。

太陽光が射すと50℃くらいになりますので昼間は注意してください。