国家公務員の場合、暦日を入れた90日間病気休暇が続くと、給与が半減します。
皆勤手当などは、ほぼない状態になるので、普通は90日病気休暇の時点で、病気休職に切り替わります。1年間は8割支給、その後は傷病手当金ですが、そこまで行く人は滅多にいません。（※私は3ヶ月もらいましたが。つまり病気休職を15ヶ月やってしまった。原因は双極症。）
もちろん、最初の病気休暇7日間連続の時に、診断書等の医療機関に掛かった証明が必要になります。（ただし、診断書でなくても良く、領収書でも可）
病気休職に切り替えの際は、正式な（？）診断書が必要です。
病気休暇のリセットは、フルタイム出勤20日連続（病気休暇が間に入るとリセット失敗。年次有給休暇は継続。）が必要ですから、この情報で地方が国家と同じ形態ならリセットは掛かっていません。
国家公務員の場合は、病気による 休暇→休職→休暇→休職→休暇と連続5回になると、職務に耐えられないとして、分限免職になる可能性が高くなります。
最も、ここまでひどいのは、ほぼおらず、普通は最初の休職で辞めてしまう人がほとんど。（ほぼおらずと書いていますが、私はその”ひどい”分類）
質問者さんの職員の場合、既に非常勤職員と同じ扱いに近い状態になっていると思われます。給与は支給されていないだろうし。ただし、職員のままの身分で保持されていそう。（このパターンは、お金は入らないが出ていくものがある。社会保険料とか。天引きとかはないので、振り込み通知書を持って銀行から役所の指定口座に入れる。）
ある意味、”他に就職させないための微罰”のように見えます。
とんでも行動を待っているような…。
