E3系のL72編成が走らない理由はいくつか考えられます。まず、あなたが言及したように運用が打ち切られている可能性はあります。これは路線の変更、設備の改修、または新しい列車システムへの移行などによって引き起こされることがあります。
また、安全性や維持管理の観点からも、特定の編成が走行されることが打ち切られることがあります。必要なメンテナンスが行われていない場合や、列車の一部が故障している場合など、列車全体が安全に運転できない状況でも運用が停止されることがあります。
さらに、乗車客数や利用状況によっても調整されることがあります。利用が少なくなって維持コストが高くなる場合や、他の列車編成がより効率的であると判断された場合など、E3系のL72編成が走行されなくなりました。
正確な理由を知るためには、JR東日本や関連会社の公式発表を確認することをお勧めします。