下記で確認出来ると思います。
1回目のチャージは、支払方法に登録された方法で処理されている筈です。
どの支払方法で処理されたかは、
下記の「■コンテンツがどの支払方法で処理されたかの確認」で確認出来ます。
■支払方法の確認
AppStoreを起動
1.右上の自分のicon
2.自分の名前欄を押下
3.[お支払い方法を管理]
4.お支払い方法欄の上から順に支払可能な方法で処理されます。
補足..
ファミリー共有下で管理側の支払方法が設定されていると
[お支払い方法を管理]の項目はありません。
■コンテンツがどの支払方法で処理されたかの確認
AppStoreを起動
1.右上の自分のicon
2.[購入履歴]
3.該当のコンテンツ
チャージした場合は、「Apple Accountへのチャージ額」と表示があります。
4.該当を押下し詳細を表示
合計額の欄に下記の請求先が表示されています。
・クレカの場合
カード名と番号(下4桁)
・Apple Accuntのチャージ残高の場合
請求先アカウント残高
Appleのサポートに連絡すれば、取り消せる可能性もあります。
実際、返金された回答もあります。
チャージ残高2000円のままにしていても、次回の精算に優先的に残額が使用されると思います。