おそらくですが、単一PTAより上位組織(県PTA連合会、全国PTA連合会など)からの脱却も含めて『保護者会』としているのだと思われます。
ただ、個人的には『PTA』という名前を存続させながら脱退表明している学校もあるのでやる事が全く同じなのであれば名前を変える必要はないと思います。
逆に名前を変えたのにやる事・やっている事に変化がなければ「なぜ変えた?」という余計にややっこしい問題が発生すると思います。
必要がどうかは各学校により思いが違うので明言は控えますが、名前を変えるのであれば「やれるときにできる人ができることをする組織」のような緩い組織の方がいいのではないかと思います。