そうですね、カバーは洗濯乾燥し、感染症ではない吐瀉物の汚れですし、洗えない(ウレタン等)材質の場合は、丁寧な拭き取り後に天日干し(乾燥させる)で良いかと思います。
多少は輪ジミで残るでしょうが、定期的に天日干し(紫外線殺菌)しておけばカビやダニも防げるかと思います。
例えば、溜め湯に食器用洗剤を混ぜ、緩く絞った布で拭き取る→お湯だけで絞った布で拭き上げる→天日干しするか、ドライヤーの送風で乾かす。
丸洗いできない材質に、漂白剤などの強い洗剤類の使用時は避けたほうが無難でしょうし、殆どの食器用洗剤には、(コロナ禍にも拭き上げ掃除に推奨された)除菌ウイルス除去機能が有るので、丁寧に拭き上げておけばご心配はないかと思います。
ウチも子達や高齢者の吐瀉物の後始末にはそのようにしています。