＞eチケットなので紙のチケットにしようとするとトクだ値割引が適応されない
これは質問者さんの思い違いです。
eチケットのまま、紙発券することが可能になっています。
※eチケットとはあくまでサービス体系の名前であって、チケットレス専用商品という意味ではありません。
ですから、みどりの窓口で発券と座席変更を同時に申請してください。
※ただし、発券後のトクだ値は変更できないというのが原則ですので、断られる可能性もあります。
（座席の位置だけでしたら変更回数に含まないという慣例があるので、柔軟にやってくれる場合もありますが……）
