シンジは「誰も僕を愛してくれない。だったらみんな氏んじゃえ、僕も氏んじゃえ」と願います。
結果、人類はみんなパシャり、補完されてしまいます。
シンジは補完された世界に対して、「ここは誰もいないから自分もいないのと一緒じゃん。現実のほうがマシだ」と、否定します。
結果、現実に戻ります。
ボツ脚本では、その後に地獄のような世界を生きていかなくちゃとうっすら覚悟する終わりです。アスカからも「あんたなんかに殺されるのはまっぴらだわ」と距離を置かれています。
次に、旧劇場版の補完世界は匿名掲示板の暗喩である、ということを理解する必要があります。
当初のプロットは、ネットに現実逃避したシンジはやはり現実に回帰し、ヒロインから嫌悪されながら厳しい現実を生きていくと覚悟するシナリオだったわけです。
しかし、それでは庵野秀明の気が済まなかったんですよ。
現実に帰ってきても、やっぱりお前らオタクは気持ち悪いから、もはやどうしようもないと言いたかったんです。
庵野秀明はアスカ推しのオタクをこそ、クソ毛嫌いしてるのは一般常識ですよ。