マインクラフトJava版について。シェーダー無効化のように一時的にリソースパックや、modを無効化することはできますか？

リソースパックは、ゲームを起動したまま切り替えができます。

ゲームを一時停止したメニューから、設定→リソースパックに行き、左側の枠にリソースパックを移動することで無効化できます。有効化は逆に右側に入れるだけです。

MODは、ゲームの起動中に一時的に切り替えはできません。

MODは、ゲームが読み込まれるときに一緒に読み込まれ、ゲームのコードに割り込んで改造するからです。

ゲームの起動中にMODファイルを入れたり消したりすると、ゲームがクラッシュしたり不具合が起きる可能性があります。