間違えて特急料金が同じで自分が本来なら区間より一駅短い特急券を買ってしまいました。乗ったら犯罪みたいにまずいことになりますか？それとも情状酌量の余地はありますか？

勝手に乗れば不正乗車になりますが、乗車後に車掌に申告すれば、特急料金が同じ場合は「着駅は○○駅にヘコ」などと券面証明をしてくれるので、追加料金もなくその特急券で本来行きたかった駅まで乗れますよ。