最初それでめちゃくちゃ迷ってましたが、結論から言うと上手い人は感覚だけじゃなくて「ルール」で選んでます。
特に大事なのはこの3つです。
・色数を3〜5色くらいに絞る
・ベース・影・光で役割を決める
・影は少し青寄り、光は少し黄色寄りにズラす
これをやるだけで、かなり選びやすくなります。
あと、元画像の色をそのまま再現しようとすると確実に詰みます。
ドット絵は再現じゃなくて「簡略化」なので、最初から色を減らす前提で考えた方がうまくいきます。
具体的には
・明るい部分
・普通の部分
・影の部分
って感じで3段階に分けて考えると一気に楽になります。
もし迷うなら、カラーピッカーで元画像の色を拾って「何色で構成されてるか」を一度見てみるのもかなりおすすめです。
思ってるより少ない色でできてることが多いので、感覚じゃなくてパターンが見えてきます。