結論から言うと、神社もお寺も「初詣だけ」で成り立っているわけではありません。
神社の場合は、お賽銭のほかに、お守りやお札、絵馬の授与料が大きな収入になります。
それに、厄除けや安産祈願、七五三、地鎮祭などの各種ご祈祷の初穂料も安定した収入源です。
地域によっては、氏子さんからの寄付や年会費のようなものもありますし、神社が所有している土地や駐車場を貸しているケースもあります。
初詣は人は多いですが、実は「宣伝効果」の意味合いも強いですね。
お寺の場合は少し性格が違って、法事や葬儀、納骨、永代供養などの仏事が収入の中心です。檀家さんからの護持会費やお布施が継続的な支えになります。
加えて、お守りや御朱印、拝観料(有名なお寺だとここが大きいです)もありますし、お寺によっては墓地の管理料が重要な収入になっています。
なので、初詣で一気に儲かるというより、神社もお寺も、年間を通した信仰行事や地域との関わりで成り立っている、というイメージが近いと思います。
初詣は華やかですが、実はほんの一部分なんです。