宮城の場合、以下のように記載されています。
カラーコンタクトを使用されてる場合、パスポート写真に準じて眼の色が違って見える装飾の強いものは、個人識別に資する免許用写真には不適切であるため、写真撮影の前に外していただきますので、保管用ケース等は必ずお持ちください。
サークルレンズなど、眼の大きさが違って見えるものも同様となります。
引用ここまで
このような記載ですので、ナチュラルなもので、瞳の大きくするものでなければ、そのまま写真撮影ができるはずです。
ただし、写真撮影は試験の合格後です。
受験申請の後に視力検査があり、コンタクトを外して検査を受けなければ、眼鏡等の条件が付きますので、カラコンは視力検査が終わってから付けてください。
また、質問者さんがナチュラルなものだと思っても、職員は同じように思ってくれるとは限りませんので、いつでも外せるように、保管ケースと保存液を持参しておいてください。
