この入試方式の場合、内申の扱いで勘違いされやすい点があります。
桐蔭学園高校B方式の「9教科に1がない」「5科目に2がない」といった条件は、原則として出願時点で中学校が作成する調査書に記載された内申を基準に判断されます。
公立中学校では、出願のタイミングでは3学期の成績がまだ確定していないため、実際には2学期までの内申が基準になるのが一般的です。
そのため、募集要項に書かれている条件も「3学期を含めた最終内申」を前提にしたものではありません。
すでに2学期の内申が条件を超えているのであれば、内申条件そのものが理由で不利になる可能性は低いと考えて大丈夫です。
最終的な調査書の書き方は学校ごとに多少の差はありますが、不安が残る場合は
・中学校の担任
・桐蔭学園高校の入試窓口
のいずれかに確認すれば、はっきり答えてもらえます。
今の情報整理としては、方向性は合っています。