今日電車で席を譲った時、「マーカアセコセコヨウね」みたいなことを譲ったおじちゃんに言われたのですが、何語かわかる方いますか？片手を顔の前に出してありがとうみたいなジェスチャーをしてたので意味的には「ありがとう」みたいな感じだと思います。

韓国語の「コマウォヨ（고마워요）」だった可能性が高いです。

意味は「ありがとう」です。日本語の耳だと「コマウォヨね」みたいに聞こえることがあり、車内の音や発音のクセで前後の音が混ざって「マーカアセコセコヨウね」のように聞こえたのだと思います。