自分も一度経験があります。あとで気づくと訳が分からない感じです。
恐らく同じだと思うのですが、質問者さんは「投げわ選択」を使用して他のレイヤーを修正されたと思います。その時に、多分、Ctrlキーを押すなどしていて線画レイヤーも同時にアクティブになっていたのはないかと思います。
線画だけなら添付絵のようにある程度修復可能です。しかし他のレイヤーで切れている部分があればそのレイヤーもアクティブにしてから貼り合わせて行く必要があると思います。
規模が大きい、もしくはレイヤー数が多いイラストの場合は、時々ファイル名を変えて予備コピーを作られた方が良いと思います。
参考になれば幸いです