基本情報技術者は現在CBT試験だけですよね？20年ほど前に紙の試験で取得した私としては、アルゴリズム（プログラミング）の問題ってパソコン画面上では解きにくいと思うのですが？

CBTだけです。
科目Bは擬似言語 16問とセキュリティ4問で構成されています。
解きにくいかと言われれば別にそうでもありません。
メモ用紙が貰えるため、トレースと呼ばれる手法を用いてプログラミングの流れにそって数を記入していき回答を行うという、攻略方法が確立されています。
そのため、参考書などからトレースの方法を学んで解くことで、CBT以前は合格率20%程度だったのが、CBT化した後は40%くらいまで跳ね上がっています。