止まっているとは、休憩施設などで停車している、そしてそこで乗務員の方が電話をされているとの事でしょうか。
乗務員の方が停車中に電話をすることは珍しい事ではありません。平常時もよくあります。
法令に基づいて運行管理者と呼ばれる責任者に体調を報告したり、渋滞の際に迂回運行を含めた指示を仰いでいることが多いです。
バスは乗務員の単独で迂回運行などを決められないので、必ず運行管理者に連絡をします。
また1時間程止まっているとのことですが、休憩時間も法令で決まっているので必ずしも何かの異常があるとは限りません。
異常事態の時には夜行便でも車内放送がかかると思うので、特段の案内がなければ気にする事はないかと。