当時の状況的に京都に置かざるを得なかったので…
南朝との戦い 観応の擾乱での足利直義&直冬派閥との争い等で京都を離れる訳にはいかなかったので
また室町幕府将軍が全国支配していたような認識あるかもですが
【室町殿御分国 】中世後期、天皇から日本国の支配を委任されていた室町殿(征夷大将軍)の政治的権限の及ぶ実効統治範囲、管轄区域のことを室町殿御分国、あるいは室町殿分国、公方分国という。 その範囲は九州探題管轄の11ヵ国、鎌倉府管轄の10ヵ国を除いた畿内・近国、山陽道、山陰道、南海道、東海道、北陸道の国々からなる。
政治的権限の範囲は全国でなく(時期により多少変化あり)ここらへんが室町幕府支配体制の弱さを言われる点だと思います