熱湯はガラス水槽やシリコンの寿命をちぢめますので、流木や石など自然物以外での使用はどうかと思います。
ハイターやイソジンや天日干しがありますが、原因がエロモナス細菌と確定しているならば魚病薬で水槽＋濾過槽＋ろ材に水を循環させたあと浸け置きします。
黄色く着色するのでその後ブラックホールを使って色素を吸着させます。
シリコン樹脂に着いたり、ブラシや光が届かないパイプ内部に付着した色素は全て完全に取り切れるか保証はないです。日光に当てていればほぼ落ちます。
あとは0.8％～1％とか高濃度の塩水につけるとかでしょうか。
https://www.kyorin-net.co.jp/yamasaki/trivia/t03.html
