人事職です。
法律上、残業代を歩合給に含むことはできますが、
残業代が明確に区分されていない場合は、有効な支払いと認められません。
よって、何も規定がない場合、労基からも未払いがあると判断される可能性が高いです。
就業規則や入社時の契約書も含め確認してみてください。
事実関係が漠然としていると労基も一般論しか返してこないので、可能な限り、書類など一通り確認してから相談するのがいいと思います。
ただし、全部歩合で支給されている場合、そもそも労働者ではなく業務委託として契約していることがあります。
この場合、労基法が適用されないので、残業代は発生しません。労基への相談もできないことになります。