JALの飛行機について質問です。3週間後のフライトを予定していますが、座席を指定しようとしたところ、ほぼ✖︎マークで指定不可でした。予約する時に空席有りとなっていたので、パートナーと隣の席が取れると思い予定したのですが、指定できない状況です。この✖︎はすべて他の客で埋まっているということでしょうか？

事前に指定できない座席もあるので、全ての席が他の人のものになっているわけではありません。

JALのサイトに書かれていますが、出発48時間前に解放される座席があります。そこが1度目のチャンス。
それでダメなら当日早めに空港に行きカウンターで並びで席取れるか確認。
https://www.jal.co.jp/jp/ja/dom/reservation/seat-selection/

JALでもANAでもハンデキャップのある人用の座席が用意されていますが、これは2人並びです。当日まで開放されませんが、該当する人がいない場合は解放されます。

ここらへんのことで頑張ってみてください。