今回の場合、ローマのフィウミチーノ空港での手続きとなります。
「EU圏内で購入した商品の免税手続きは、EUの最終出発地で行う」というのが原則ですが、トランジットのみで制限エリアから出ないのであれば、その前の出発地で手続きできます。
そもそも、なぜEUの最後の地で免税手続きを行うのかというと「商品をEU外に持ち出すこと」が免税の条件となっているからです。EU圏内で使わない(消費しない)から、EUの消費税が免税されるんです。
なので、ローマの空港では、最終目的地である成田までの搭乗券を提示して手続きをしてください。免税手続きのカウンターは私はターミナル3しか利用したことがありませんが、Global Blueの公式サイトを見るとターミナル1にもあるようです。
https://www.globalblue.com/en/refund-points-map?country=Italy\u0026amp;useMyLocation=false\u0026amp;query=roma