私は先日残高がない状態で課金をしたのですが、課金をした後にiTunesカードなどでお金をチャージした場合翌月の支払いにあてられますか？返信お願いします

残高が無い状態で課金した場合、Appleアカウントに登録してある支払い方法で支払いされることになっています。

支払い方法を何も登録していないとそもそも課金はできないので、課金が出来たということは何らかの支払い方法ですでに支払いが完了している状態です。

iphoneの設定アプリ→自分の名前→お支払いと配送先の順にタップして、表示されている支払い方法を確認してください。