文系の大学を4年間で卒業した後、建築士の資格取得を目的として専門学校を2年間修了した場合、就職活動においては「新卒」として扱われるのでしょうか。また、その際の初任給は「大卒扱い」になるのか、それとも「専門卒扱い」になるのか、ご教示いただけますと幸いです。

うちでは新卒の大卒、土建他社でも同様だと思います

ただ技術系大卒（建築の専門教育を受けた学士の新卒）での応募枠には入らない扱いになる企業も多いと思います

とはいえ設計事務所もゼネコンも大手も中小も、理由は違えど技術系一般公募では、専門卒以上であれば後は当人次第って事で、門前払いにする所は少ないと思います。最終学歴/学校名があてにならないってのは各社心当たりがありすぎるでしょう