ジャニーズのカウントダウンコンサートって複数のファンクラブに入っている場合でも1回しか申し込めないのですか？（例えばSnowManとSixTONESとなにわ男子に入ってるみたいな感じです。）

そうです。

一人一回の申し込みです。

おそらく質問者様が聞きたいのは「複数グループの会員でそれぞれ応募した場合はどうなるか？」だと思いますが、その場合は全ての申し込みが無効になります。一個だけ生かすとかの温情措置はありません。

無効になるのはその公演だけでその後に行われる別の各グループの公演や翌年以降のカウコンには応募出来ますけどね。