まず ONU(回線終端装置) は、宅内に引き込まれた 光信号を Ethernet(LAN)信号に変換し、ルーターへ渡す装置 です。
そのため、宅内での通信速度は ONU の LAN ポート以降の構成に依存します。
結論から言うと、
GE-PON-ONU タイプD〈1〉の LAN ポートが 100Mbps までしか出ない、という可能性は現実的にはほぼありません。
この世代の NTT 東日本の GE-PON ONU は、LAN 側は 1Gbps(1000BASE-T)対応が前提です。
速度が 100Mbps 程度に制限される場合、ほとんどは ONU 以外の要因です。代表的な例は以下です。
LAN ケーブルがカテゴリ5(Cat5)
→ Cat5 は 100Mbps まで(Cat5e 以上が必要)
途中に 100Mbps 対応のスイッチングハブが存在している
Wi-Fi ルーターが古く、WAN/LAN ポートが 100Mbps までの機種
古い規格(Wi-Fi 4 など)のルーターを使用している
リンクが 100Mbps でネゴシエーションされている(ケーブル劣化等)
これらのいずれかが 1 つでも 100Mbps の場合、そこがボトルネックとなり全体の速度が 100Mbps に落ちます。
ご質問の状況では、以前 10Gbps プランを利用していた環境から引っ越しされ、
ルーターや LAN ケーブルは変更していないとのことですので、
ONU が原因である可能性は低く、リンク速度が 100Mbps で張られている箇所がどこかに存在すると考えるのが自然です。
現在では、よほど古い機器やケーブルを使っていない限り、
ONU の LAN 側が 1Gbps 未満になるケースはほぼありません。