エミレーツの場合は単にエラーだと思いますが、Skyscannerで出てくるようなチケット、特にtrip.comなど問題の多いサイトが売ってるようなもので、ご自身で乗り継ぎ になってるものは別々のバラのチケットだったりします。
何が違うかというと、最初の便が遅れて乗り継げなくても航空会社は何もしてくれないという事です。
航空会社から直接購入する場合は必ず通しの発券になってるので最初の便が遅れたり欠航になったりしたら、航空会社が目的地までのすべての便を取り直してくれて、宿泊が必要ならホテルも用意してくれます。
自己乗り継ぎは絶対に避けるべきです。
あとskyscannerでいろいろな販売会社が出てきますが、1割以内の差なら航空会社から直接買うのをお勧めします。基本的に航空会社以外から買ったもの予約はその旅行会社でしか変更できないからです。何もなければ安くて得ですが、欠航などでトラブルになった時に地獄をみたり、払い戻しに何か月もかかったり払い戻されないなどのトラブルがあります。
