ホテルのチェックインの時間について16時00分にチェックインの場合、15時45分くらいでも大丈夫でしょうか？小さめの旅館？隣に建っている料亭が運営しているものです。

予約時に自分で16:00を選んだということですよね？の場合、一応旅館側がだいたいの時間を把握しておきたいというだけですから別に時間ぴったりじゃなくても問題ありません。

通常のホテルや旅館は15:00からチェックインは出来ますから15：00過ぎなら15:30でも15:45でも普通にチェックインも入室も出来ます。