作品ファイル(.clip)で保存します。レイヤーなど保持した状態で保存されます。EXで複数ページを作っているなら最初に保存されるので作業終了する場合は上書き保存すれば良い。次回、続きをする場合は作品ファイル(.clip)やCMCファイルを直接Wクリックして起動するか作品管理から起動します。しかしPNGやJPGの画像ファイル保存ではレイヤーなどは結合されてしまうので編集は出来ません。
https://help.clip-studio.com/ja-jp/manual_jp/210_files/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%99%E3%82%8B.htm
https://help.clip-studio.com/ja-jp/manual_jp/210_files/CLIP_STUDIO%E3%81%A7%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E7%AE%A1%E7%90%86%E3%81%99%E3%82%8B.htm