思ったんですけど、日本って原発を極超音速ミサイルで狙われたら終わりじゃないですか？

日本に限らず、そうですよ。
ウクライナのサポシージャ原発も狙われましたし。
ただ、それをやると国際社会から非難されますので、攻める側からすれば簡単にはできないというだけです。