私はPlusDisc発売時にプレイしたので月箱版じゃないけど、たぶん同じでしょう。
一般的にEXEファイルの中には複数のアイコンが格納でき、
月姫.exe の場合は、リソースとして
満月の16x16ピクセルのアイコンと
アルクの32x32ピクセルのアイコンを持っています。
16x16ピクセルで顔を描くのは難しいですからね。
基本的にエクスプローラーだと、小アイコン表示だと前者（16x16）が
中アイコン表示以上だと後者（32x32）が、自動的に選択されます。
最近のEXEファイルだともっと高解像度のアイコンをもっているはず。
# リメイクはさっちんルートが実装されるなら買ってもいいけど、さて……
