本当にどちらでも問題はないのですが、考え方として少し違いがあります。
自宅近くの神社のお札や破魔矢は、その土地の神様に一年間見守ってもらうという意味合いが強く、普段の生活に寄り添ったお守りになります。何かあった時にもお礼参りやお参りがしやすいのも安心材料です。
一方で、お子さんの干支が祀られている神社のものは、成長や健康を願う気持ちをより強く込めやすく、「この一年を特別に守ってほしい」という思いを形にしやすいと思います。
最終的には、理屈よりも「ここがいいな」と感じる気持ちを大切に選ぶのが一番だと思います。