無職でパートの求人に電話で応募しようと思っているのですが、この年末に申し込むのは店側に迷惑でしょうか？短期のバイトではなく、通常の求人です。

迷惑とか、考えなくて良いですよ。
今は人が足りません。
求人業務も仕事のうちです。
もし忙しいなら、面接は正月明けとかに設定します。
それを判断するのはお店のほうです。