nanacoのポイントを移動させる際にセンター預かりが残っているとポイントの移動ができない、というのは一般的な規則です。ただし、早朝の特定時間帯に残高照会を行った結果センター預かりの移動がされずポイントだけが移動したという経験は個々のもので、公式な情報として公開されていない可能性があります。
nanacoの公式サイトやアプリでは、通常のポイント移動やチャージの時間帯は明確に記載されていますが、センター預かりの移動に関する特別な時間帯については言及されていないため、正確な時間は公式から確認することをお勧めします。
通常、nanacoのポイント移動やチャージは夜間の22時から翌日の7時までの間は行えません。しかし、センター預かりの移動が早朝の特定時間帯にのみ可能であるという情報がないため、早朝に残高照会を行ってもセンター預かりが移動しない可能性があります。
公式情報を得るためには、nanacoの公式サイトまたはアプリの「よくあるご質問」や「利用規約」を確認してみてください。それでも不明な点がある場合は、nanacoのカスタマーサポートに直接お問い合わせいただくこともおすすめです。