今回の問題で、本質的な問題になるとしたら、登録終了時点で10傑が確定し、その後の回避に対応するのは全て賞金順に変わるという点だけかと思います。
段階的に出走基準が変わるので、いざ登録終了して、10傑から漏れてしまうと一気に決定順位が下がる、なんて事態が発生し、ごちゃごちゃ言う人が出るので、上位10傑から回避が出た場合はファン投票の順位で繰り上げて優先的に出走させれば、全てが解決します。
登録だけして出走しない、なんてケースはたまにありますが、そのレースはほぼ全てが賞金順で出走が決定するので、問題になりません。今回は出走決定の決め方が2つ存在し、途中で一つに統一されるには優先出走枠が大きいので、起こる問題です。
有馬記念はファン投票で出走して欲しいと多くの人が支持した馬が10頭いて、残りは賞金順がいいのか、上位の10頭から回避馬が出たら、人気がなくても賞金順のほうがいいのか、という本質の追求だけでいい話かと思います。いっそのこと、このレースだけファン投票の順位順だけでもいいぐらいだと思います。
そうすれば、出れない馬が邪魔をするという展開はないです。勝ち目の薄い馬が出走して、となるなら、そのときはその馬より実績作っておけばいいだけで、文句言うのは筋違いなだけです。
JRAは出走決定順に関してはなるべく多くの人に支持してもらえるように色々と策を練ってきたので、多少は考えると思います。もし、数年経っても何も変えなかったとしたら、それはそれで、有馬のルールはこれでOKという意思であると思います。