貴方の気持ちお察しいたします。
まず、残業代は1分単位で払わないといけないとゆう決まりがあります。1時間単位なんてありません。
休憩時間に電話を受けるのは、それは休憩ではありません。休憩中だからとる必要ありません。
貴方の就労契約時間は何時~何時までですか?
時給ですか?月給ですか?
朝8:00~夜9:00まで労働したなら、法定時間8時間を大幅に超えますので、休憩を1時間とっても4時間分は時給➕1.25倍の給料を払う必要があります。
会社に事務の方がいると思いますので、聞いてみておかしいと言ってみてください。労働基準監督署に電話したら詳しく教えてくれますよ。