可能性は充分にあります。
2年連続で同一都道府県から選ばれない、なんていうのは都市伝説ですね。
過去、同一都道府県から2年連続という例はあります(校名は当時)。
島根(2002松江北、2003隠岐)
徳島(2010川島、2011城南)
北海道(2012女満別、2013遠軽)
和歌山(2014海南、2015桐蔭)
岩手(2016釜石、2017不来方)
また、九州は九州国際大付が明治神宮大会優勝して枠がひとつ増えているので21世紀枠はない、ともならないです。
前回は明治神宮大会で優勝した横浜(神奈川)の関東から、というか同じ横浜市内から21世紀枠で横浜清陵も選ばれています。
また、九州も2014年に一般枠4、神宮大会優勝による増枠1と21世紀枠とで6校出場したことがあります。
なお、秋季大会は一応予選ではないので、長崎西も一般枠で選ばれる可能性がないではないです。
この場合、既に長崎県から長崎日大が選ばれていそうですから地域性は不利ではありますが。
しかし、長崎西が県大会、九州大会で負けた長崎日大、九州国際大付が九州大会の決勝を争ったので、出場したら何とか戦えるという評価になる可能性はありますね。