しまうま出版でA5サイズの漫画を印刷したいんですが、上手く行きません。PDFファイルのページサイズが合ってないとエラーが出ます。恐らくここの設定を間違えているんだと思うのですが、色々調べたり弄ってみても上手くいかないです。CLIP STUDIO PAINT EX を使用しています。

キャンバスのサイズ設定は問題ないと思います。

書き出しの設定で出力範囲を「トンボの裁ち落としまで」にしてますか？
しまうま出版さんのテンプレート仕様は塗り足し3mmまでのサイズのようなので、そのままページ全体を出力してしまうと周りの余白部分も出力されるのでサイズが合いません。
トンボの裁ち落としまでのサイズで出力したものを入稿してみてください。