紅の砂漠にて戦闘向けのチャレンジって後回しにすると詰む感じがするんですが、野良で時々現れるような敵とかいるんですが数も多くないですしやはり拠点は残したりセーブandロードのやり方が一般的ですか？

今後のアップデートで、解放した拠点が再度侵略されるなど、戦闘ができなくなる問題を解決する修正が入る予定になっています。

https://crimsondesert.pearlabyss.com/ja-JP/News/Notice/Detail?_boardNo=82

一応、4～6月のアップデートでということですので、遅くなれば6月になってしまうでしょうけど、それを待てるなら気にしなくてもいいかと思います。