今日東武東上線にのったのですが乗り換え案内のアプリの時間表記と掲示板の時刻が1,2分ずれています。どういうことでしょうか

乗換案内アプリが遅延を踏まえた実際の時間を表記しているだけかと思います。

週末、特に午後以降は直通先の東急東横線や地下鉄副都心線の遅れが常態化していて、その影響が東武東上線などの直通先にも波及しダイヤが乱れます。
実際、今日も遅れが出ていました。