>→医療費助成通知の出揃った秋頃に還付申告と…
これは還付申告でなく、「更正の請求」という手続きになります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2026.htm
使う申告書用紙も違ってきます。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/pdf/r02kosei.pdf
>もし家賃収入に対する税額より還付される医療費控除が大きければ、秋頃の…
皮算用が外れて追納になったりしたら、無申告加算税と延滞税が課せられます。
不動産所得は期限内に済ませておくことをお勧めしておきます。
税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/index2.htm