Q1について、意見が二分していますが、ご質問の意図としては、「資格は必要かどうか？」ではなく、「国家資格とベンダー資格のどちらが有利か？」ですよね？
そういう意味ではCCNAよりは応用情報の方がすごいと思われるでしょうし、応用情報よりはCCNPの方がネットワークとしては有用でしょうし、CCNPよりはネスペの方がすごいと思われそうですね。
要は、その資格の難易度によるので、国家資格だからとか、ベンダー資格だから、と言った区別はあまりないかもしれません。
もちろん、そこに実務経験があれば尚良しなのは当然です。
Q2ですが、IT業界って、建設業と同じで、元請けがいて、一次請けがいて、二次請けがいて…と階層構造になっています。
ですので、給料を上げようと思ったら、より上流の企業に転職するのが手っ取り早いということです。
ただ、仕事内容は違って来ます（基本的に上に行く程手は動かさなくなる）ので、自分のやりたいことに合ったところで働くのがいいと思います。
下請けだからといって、必ずしも安月給という訳ではありませんので。
どちらにしろ、実力次第と言ったところでしょうか。
Q3ですが、↑にも書いたように、実力が物を言いますので、一旦は今の会社で力を付けるのがいいと思います。（パワハラや長時間残業があるとかなら話は別です）
