ペイディで無料の商品を買ったのですがこれってはらいに行く必要があるでしょうか？

無料であれば決済はされませんので、決済されたという事は無料では無かったか、他の商品の購入特典であっただけです
決済された分は支払うか、利用先に話をつけて返金して貰うしかありません