ロングブーツをキャリーケースに入れる時、ブーツキーパーを入れてビニール袋に入れればいいでしょうか？他になにか方法があれば教えて欲しいです。

質問者はロングブーツが型崩れを防ぎたいですね？

理想は筒の部分を折り曲げずにブーツキーパーを入れたまま、

尚つま先もつぶれないようにしっかり詰め物をすればダメージを受けません。

けれどもかなり嵩張ります。

もっと大事に運びたい場合は専用ケースが一番ですね。

もし素材が柔らかいストレッチ系であればつま先部分だけ詰め物して置いて、

袋に入れた後丸めれば小さくまとまります（スニーカー位の大きさに）。