全作品を全サービスに登録しているなら、作品名単位でフォルダ管理すればいいので簡単なんですが…
ばらばらの場合は、こんな感じだと分かりやすいかなと思います。
【サービス名フォルダ（親フォルダ）】
①作品名フォルダ（子フォルダ）→形式別のデータファイル
②審査待ちフォルダ（子フォルダ）→作品名フォルダ（孫フォルダ）→各種データファイル※最終的に①に分類されます。
③不採用等の一時保管フォルダ（子フォルダ）※最終的に削除するデータ
※作品名フォルダは制作日など、標準的な並び順に利用できるものがお勧めです。
※デメリットは、複数のサービスに登録している作品フォルダが重複することです。（ストレージを食う）
作品ごとにフォルダ管理する場合は、どのサービスにどの作品のどのデータファイルを登録しているか、別途管理リストが必要になると思います。
※エクセルなどのスプレッドシートを使うのが無難です。
※親フォルダがサービス単位か、作品単位かの違いなので、データ形式が異なる点は問題ないと思います。
