新幹線のチケットをアプリで取ろうと思っています時間は決めてなく、こだまの自由席で1番安いのがあったのでそれにしようと思っていますがこの場合、ひかりやのぞみに乗ってもいいのでしょうか？

「普通車自由席」ならば、普通車自由席のあるどの列車にも乗れます。

なお割引が一切ないので、乗り方により高額になり損をすることがあります。
※JR利用が「新幹線だけ」の場合は損も得もありません