まずは、一般に多くのプレイヤーが使用している人気アバターを実際に入手して、分析してみるのが良いと思います。
「ハオラン」などは高クオリティかつ無料で配布されていますので、リファレンスとしてもぴったりです。
https://booth.pm/ja/items/3818504
・素体・下着・服・装飾品で分けて作成する？
基本的にはそうなります。
・上記の分け方して、素体がしっかり全裸だと怒られる？
服で見えないようになっていれば、基本的には問題ありません。
多くのアバターでは、素体部分が服を貫通しないよう、見えない部分を縮小させるシェイプキーが備わっていることも多いです。
・胸揺らしたいです
胸にボーンを入れて、ウェイトを付け、PhysBoneを設定しましょう。
アバター設定の中で、ある意味一番難しく、そして面白いところです。
実践的なアバター制作の資料としては、マイナビBOOKSから出ている「Blenderで作るキャラクターモデリング入門実践ガイド」をおすすめします。
分厚い専門書なので少々値が張りますが、お近くの図書館にリクエストするのも良いかも知れませんね。
https://book.mynavi.jp/ec/products/detail/id=122141
