webオンリーのサークル参加について質問です。サークル参加申し込みは配布する作品を作った後に申し込む方がいいのでしょうか？

ウェブオンリーの開催日にもよりますが、開催日迄余裕があるようなら申し込んでから作っても問題はないです。

当日までに展示する作品が無いという状況にならない様に準備すれば大丈夫ですよ。

イベントによっては開催時間中に作品公開が間に合えば、イベント開始時間に間に合わなくても大丈夫である場合があります。でもまぁ、この辺はイベントのルール（開始時間以降の作品公開はご遠慮ください、などの文言があればNG）で変わってきますので、ルールをよく確認してください。